رهبر عالیقدر حضرت آیت الله سید علی خامنه ای فرزند مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید جواد حسینی خامنه ای ، در روز 24 تیرماه 1318 برابر با 28 صفر 1358 قمری در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. ایشان دومین پسر خانواده هستند. زندگی سید جواد خامنه ای مانند بیشتر روحانیون و مدرسّان علوم دینی، بسیار ساده بود. همسر و فرزندانش نیز معنای عمیق قناعت و ساده زیستی را از او یاد گرفته بودند و با آن خو داشتند.
رهبر بزرگوار در ضمن بیان نخستین خاطره های زندگی خود از وضع و حال زندگی خانواده شان چنین می گویند:
«پدرم روحانی معروفی بود، امّا خیلی پارسا و گوشه گیر... زندگی ما به سختی می گذشت. من یادم هست شب هایی اتفاق می افتاد که در منزل ما شام نبود! مادرم با زحمت برای ما شام تهیّه می کرد و... آن شام هم نان و کشمش بود.»
امّا خانه ای را که خانواده سیّد جواد در آن زندگی می کردند، رهبر انقلاب چنین توصیف می کنند:
«منزل پدری من که در آن متولد شده ام ـ تا چهارـ پنج سالگی من ـ یک خانه 60 ـ 70 متری در محّله فقیر نشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه ای! هنگامی که برای پدرم میهمان می آمد (و معمولاً پدر بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیر زمین می رفتیم تا مهمان برود. بعد عدّه ای که به پدر ارادتی داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.»
رهبرانقلاب از دوران کودکی در خانواده ای فقیر امّا روحانی و روحانی پرور و پاک و صمیمی، اینگونه پرورش یافت و از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتب سپرده شد تا الفبا و قرآن را یاد بگیرند. سپس، دو برادر دوران تحصیل ابتدایی را در مدرسه تازه تأسیس اسلامی «دارالتعّلیم دیانتی» گذراندند.
ایشان پس از آشنایی با جامع المقدمات و صرف و نحو در دبیرستان وارد حوزه علمیه شدند و نزد پدر و دیگر اساتید وقت ادبیات و مقدمات را خواندند.
درباره انگیزه ورود به حوزه علمیه و انتخاب راه روحانیت می گویند:
«عامل و موجب اصلی در انتخاب این راه نورانی روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقه مند و مشوّق بودند».
ایشان کتب ادبی ار قبیل «جامع المقدمات»، «سیوطی»، «مغنی» را نزد مدرّسان مدرسه «سلیمان خان» و «نوّاب» خواندند و پدرش نیز بر درس فرزندانش نظارت می کردند. کتاب «معالم» را نیز در همان دوره خواندند. سپس «شرایع الاسلام» و «شرح لمعه» را در محضر پدرش و مقداری را نزد مرحوم «آقا میرزا مدرس یزدی» و رسائل و مکاسب را در حضور مرحوم حاج شیخ هاشم قزوینی و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد پدرش خواندند و دوره مقدمات و سطح را به طور کم سابقه و شگفت انگیزی در پنچ سال و نیم به اتمام رساندند. پدرشان مرحوم سید جواد در تمام این مراحل نقش مهّمی در پیشرفت این فرزند برومند داشتند. رهبر بزرگوار انقلاب، در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزوار را ابتدا از «مرحوم آیت الله میرزا جواد آقا تهرانی» و بعدها نزد مرحوم «شیخ رضا ایسی» خواندند.
آیت الله خامنه ای که از هیجده سالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمی میلانی شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درسهای خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی، سید یحیی یزدی، و میرزا حسن بجنوردی، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولی پدر موافقت نکرد. پس از مدّتی ایشان به مشهد باز گشتند.
آیت الله خامنه ای از سال 1337 تا 1343 در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آیت الله العظمی بروجردی، امام خمینی، شیخ مرتضی حائری یزدی وعلّامه طباطبائی استفاده کردند. در سال 1343، از مکاتباتی که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند. آیت الله خامنه ای به این نتیجـه رسیدند که به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت کنند واز پدرشان مواظبت نمایند. ایشان در این مـورد می گویند:
«به مشهد رفتم و خدای متعال توفیقات زیادی به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگر بنده در زندگی توفیقی داشتم، اعتقادم این است که ناشی از همان بّری «نیکی» است که به پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام». آیت الله خامنه ای بر سر این دو راهی، راه درست را انتخاب کردند. بعضی از اساتید و آشنایان افسوس می خوردند که چرا ایشان به این زودی حوزه علمیه قم را ترک کردند، اگر می ماندند در آینده چنین و چنان می شدند!... امّا آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهی برای ایشان سر نوشتی دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود. آیا کسی تصّور می کرد که در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، که برای رضای خداوند و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد می رفت، 25 سال بعد، به مقام والای ولایت امر مسلمین خواهد رسید؟! ایشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبازره و زندان و مسافرت، به طور رسمی تحصیلات فقهی و اصول خود را تا سال 1347 در محضر اساتید بزرگ حوزه مشهد به ویژه آیت الله میلانی ادامه دادند. همچنین ازسال 1343 که در مشهد ماندگار شدند در کنار تحصیل و مراقبت از پدر پیر و بیمار، به تدریس کتب فقه و اصول و معارف دینی به طلّاب جوان و دانشجویان نیز می پرداختند.
